Den natürlichen Lebensraum des Leopardgeckos bilden halbtrockene bis trockene, steppenartige Gebiete. Die dämmerungs-und nachtaktiven Echsen halten sich tagsüber zumeist in Verstecken wie Erdhöhlen, Felsspalten, verlassenen Nagetierbauten oder in Hohlräumen unter Steinen oder Totholz auf. Leopardgeckos scheinen in der Natur reine Sandflächen zu meiden und bevorzugen stattdessen lehmiges oder steiniges Substrat. Dies möglicherweise auch deshalb, weil sich Kammern und Gänge leichter in einen heterogenen Bodengrund graben lassen. In dem weitläufigen Verbreitungsgebiet, welches von Eublepharis macularius bewohnt wird, sind verschiedene klimatische Bedingungen anzutreffen. Grundsätzlich ist der Sommer meist sehr heiss mit Temperaturen von teilweise über 40°C und gleichzeitig auch etwas feuchter. Lediglich im Norden Pakistans fällt während der Winterruhe der Leopardgeckos mehr Niederschlag als im Sommer. Die Niederschläge im Osten und Süden Pakistans sind um einiges ergiebiger als im restlichen Land, wobei dies nicht bedeuten muss, dass Tiere aus dem südöstlichen Verbreitungsgebiet feuchter - oder aber jene aus dem restlichen Gebiet trockener -  gehalten werden müssen. Schliesslich findet sich auch in trockeneren Regionen eine gewisse Substratfeuchte und erhöhte Luftfeuchtigkeit in den Höhlen, die den Tieren als Versteckplätze während des Tages dienen.